Découvrez comment Zenodo est utilisé par les chercheurs

Zenodo est un dépôt en libre accès qui permet aux chercheurs de partager gratuitement les résultats de leurs travaux. Le biologiste Donat Agosti gère le dépôt de littérature sur la biodiversité sur cette plateforme.

Une partie essentielle de la recherche sur la biodiversité consiste à comparer les espèces, ce qui nécessite des noms clairs et identifiables. Auparavant, cela impliquait de se rendre dans une bibliothèque et de recopier manuellement les descriptions des espèces à partir de livres, en prenant soin de ne négliger aucun détail.

« Les scientifiques citent différents ouvrages, ce qui signifie que nous ne devons pas seulement disposer d’un fichier PDF, mais que nous avons réellement besoin d’accéder aux données contenues dans la publication, dans un format exploitable par une machine », explique le Dr Agosti.

Au fil du temps, il est apparu clairement que les descriptions (les traitements taxonomiques) qui sous-tendent la classification des différentes espèces pouvaient être extraites des fichiers PDF et transformées en un type de données dans Zenodo. Des fonctionnalités supplémentaires ont également été introduites, notamment des métadonnées personnalisées liées à un vocabulaire externe, la possibilité de zoomer sur les figures et des outils permettant de laisser des annotations.

Une autre fonctionnalité importante est la possibilité de partager les droits de gestion, ce qui permet aux communautés de se former et d’impliquer de nombreux contributeurs différents.

« Le Biodiversity Literature Repository compte près de 2 millions d’enregistrements. Il contient 750 000 figures et 650 000 traitements taxonomiques, et quand on les examine, on constate qu’ils sont tous utilisés. Zenodo est vraiment l’un des seuls endroits où l’on a accès à des données libérées des publications. Cela revêt une importance croissante dans le monde des applications d’IA, qui dépendent réellement de données sélectionnées. »

Dans le cadre plus large du mouvement pour le libre accès, Zenodo joue un rôle de premier plan dans l’accessibilité des données. Grâce à l’utilisation de métadonnées personnalisées, il ouvre les résultats de la recherche à un éventail beaucoup plus large d’utilisateurs. « Zenodo est à l’avant-garde de l’accessibilité des données, ce qui montre comment cela peut se faire. Grâce à ces métadonnées personnalisées, il ouvre les données à un plus grand nombre d’utilisateurs. Dans ce monde de données FAIR, les métadonnées personnalisées jouent un rôle très important, car elles permettent aux machines non seulement de lire le texte, mais aussi de le comprendre. »

Soutenir la science signifie également encourager l’innovation, qui dépend à la fois de la recherche fondamentale et de l’accès libre aux données qui la sous-tendent. En rendant les données exploitables par les machines, Zenodo élargit le cercle des personnes qui peuvent accéder aux résultats scientifiques et les utiliser.

Pendant la pandémie de coronavirus, par exemple, les chercheurs ont dû revisiter la littérature sur les chauves-souris et les virus, et le fait de rendre ces données accessibles a facilité ce travail. Une situation similaire s’est produite dans le domaine de la recherche sur les maladies rares, où la compréhension des interactions entre les gènes nécessite l’accès aux informations contenues dans les publications.

Dans le cas de la biodiversité, Zenodo contribue à intensifier la surveillance de la biodiversité et soutient de nouvelles approches de recherche en rendant les données générées par des machines et nées sous forme numérique immédiatement accessibles et ouvertes à la réutilisation.

Zenodo est déjà capable de répondre aux besoins de modestes ensembles de données, mais cela ne représente qu’une fraction des besoins globaux en matière de services de données dans le domaine scientifique. Nous avons besoin de votre aide pour étendre les fonctionnalités et les capacités de stockage de Zenodo.